보건소 근무일지 2_ ct값과 랩지노믹스

교과서로 공부할때는 PCR, RT-PCR의 개념만 배웠지 실제 데이터는 처음 보는 것이라 신기했다.

이렇게 사용하려고 배운 건데 검사지에서 ct값이 뭔지 몰랐을 땐 정말 당황스러웠다.

역시 죽은 공부를 하면 안 되는구나.. 공부할게 너무나 많은 세상이다.

더불어 내가 조금만 더 (많이) 명석해서

팬데믹이 선언되기 전에 진단키트 만드는 회사 주식을 샀으면 좋았을텐데라는 생각도 들었다..

 

 

현재 보건소에서는 랩지노믹스의 RT-PCR kit를 이용하고 있다.

나는 코로나 감염증19 양성이 나온 환자들의 데이터를 역학조사지에 옮겨적는 일도 한다.

검사 결과지의 내용은 대충 아래와 같다. 

 

 

 

 

 

여기서 코로나 검체 결과가 positive가 되는 remark가 바로 ct값이다. 

ct는 cycle threshold의 약자로, 결국 threshold(역치)까지 필요한 PCR cycle 수를 말한다.
PCR을 통한 핵산 증폭량이 일정수준 도달해야만 통계적으로 유의미한 형광값을 확인할 수 있고,

그 기준이 되는 것이 threshold에 해당한다.

 

 

진단 검사에서는 'ct값이 30이하이면 양성' 이런식으로 기준 수치가 있고,

위쪽에 있는 가상의 결과 값으로 예를 들면..

E gene의 ct값이 24.25, RdRp gene의 ct값이 23.70ct이므로 코로나 positive(양성)이 된다. 

 

그리고 ct값의 숫자가 작을 수록 검체에 바이러스가 많은 것이다.

검체에 바이러스 수가 많을 수록 RT-PCT이 cycle이 덜 돌아도 증폭량이 역치에 도달할 수 있기 때문이다.

 

 

 

Q. RT-PCR이란?

이건 분자생물학책을 다시보거나...

건또리님 유튜브에서 '코로나19 진단검사 원리 실시간 RT-PCR'편을 보면 된다.

 

Q. E gene과 RdRp gene은 무엇인가?

코로나19 바이러스가 특징적으로 가지고 있는 유전자다. 따라서 이 부분을 PCR한다.

랩지노믹스 진단 검사에서는 E gene과 RdRp gene만 검사하는데, 외래 병원의 결과지의 경우 N gene까지 3가지를 검사하는 경우도 있다. 

 

Q. 현재 사용하는 긴급 진단 키트에서 양성이 나오면 재검사 하는 이유는?

현재 주로 사용중인 긴급 진단 키트는 '코로나 바이러스가 가진 공통적인 유전자'를 증폭하여 음성/양성 여부만 빠르게 확인하는 것이다. 

즉, 긴급검가에서의 양성은 '코로나 바이러스가 있다'를 의미하며, 이것이 코로나 바이러스 중에서도 코로나19에 해당하는지는 다시 확인해봐야 한다. 

 

Q코로나의 종류??

2021/01/12 - [PEET자료/생물학] - 바이러스 분류_코로나19와 사스, 메르스의 관계